När vi använder peptider stöter vi ofta på indikatorer för peptidrenhet och peptidinnehåll. Många människor kanske undrar varför deras peptidrenhet är 95% men peptidhalten är bara 80%. Detta beror på att det är två helt olika begrepp.
Peptidrenhet: Peptidrenhet avser mängden målpeptid som detekteras vid 214 nm (214 nm är absorptionsvåglängden för peptidkedjan) med hjälp av HPLC-analys.
Peptidinnehåll: Detta hänvisar till procentandelen peptider i förhållande till icke-peptidämnen i ett prov.
En peptids renhet avser innehållet i målpeptiden som detekteras med HPLC vid 214 nm (214 nm är absorptionsvåglängden för peptidkedjan). Förutom målpeptiden kan HPLC detektera föroreningar inklusive: raderade sekvenser (målsekvenser som saknar en eller flera aminosyrarester), trunkerade sekvenser (sekvenser som genereras under skydd) och ofullständigt avskyddade sekvenser (som resulterar i syntesprocessen eller den slutliga klyvningsprocessen). HPLC kan dock inte detektera vatten och restsalter som trifluoracetat (TFA) och acetat. Under peptidsyntesen klyvs peptidsekvensen från hartset med användning av TFA, och en liten mängd TFA genereras också under rening. Därför kan den fria aminoterminalen och andra sidokedjor av peptiden, såsom Arg, Lys och His, generera små mängder TFA-föroreningar. En annan fråga är fukt. Peptider dehydreras vanligtvis med hjälp av frystorkning, men trots detta kommer vatten att existera i varierande grad beroende på den kovalenta bindningskapaciteten. Därför innehåller levererade peptider typiskt TFA-salter och spårmängder av vatten, som inte kan detekteras med HPLC, vilket leder till skillnader i peptidinnehåll och renhet.
